М. Г. СМАРАГДОВ, А. А. КУДИНОВ
Всероссийский научно-исследовательский институт генетики и разведения сельскохозяйственных животных – филиал Федерального научного центра животноводства – ВИЖ имени академика Л. К. Эрнста, Московское ш., 55а, Санкт-Петербург, 196601, Российская Федерация
Резюме. Современная молекулярная генетика позволяет идентифицировать в геноме животных протяженные гомозиготные районы (ROH), свидетельствующие о наличии близкородственных скрещиваний в родословной. Целью исследования было рассчитать коэффициент инбридинга у коров, исходя из полногеномных ROH-данных голштинизированных черно-пестрых коров из четырех племенных заводов Ленинградской области. Из каждого стада отбирали от 46 до 85 животных, всего 263 головы. ДНК для генотипирования чипом BovineSNP50 выделяли из крови фенол-хлороформным методом. Критерии редактирования генотипов были следующими: SNPs (Single nucleotide polymorphism – однонуклеотидный полиморфизм) c частотой встречаемости в геноме коров менее 5 % удаляли; генотипы SNPs, не удовлетворяющие распределению Харди-Вайнберга с достоверностью p = 0,0001, удаляли. В результате редактирования из 54609 SNPs осталось 43298. Качество генотипирования (QS) составило 0,99. Выявление ROH в геноме коров осуществляли с использованием пакета программ Plink 1.9. Критерии отбора ROH следующие: рамка сканирования включала 50 SNPs; введен запрет на гетерозиготные SNPs в ROH; число пропущенных SNPs в ROH не более двух. В результате сканирования генома 263 коров среднее число ROH на геном составило от 23 до 25. Средняя длина ROH в геноме коров варьировала от 6729 до 7220 т.п.н. (тысяч пар нуклеотидов). При этом суммарная длина ROH у отдельных животных составляла от 24 до 380 м.п.н. (миллионов пар нуклеотидов). Рассчитанный коэффициент инбридинга у отдельных коров варьировал от 1,0 до 15,1 %. Средний коэффициент инбридинга в четырех стадах составлял от 5,5 до 8,0 %. Таким образом, молекулярные показатели на основе ROH позволяют оценить коэффициент инбридинга у коров в стадах, и этот метод следует использовать в селекционной работе.
Ключевые слова: ROH, инбридинг, молочный скот, стада.
Сведения об авторах: М. Г. Смарагдов, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник (e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.); А. А. Кудинов, научный сотрудник (e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.).
Для цитирования: Смарагдов М. Г., Кудинов А. А. Полногеномная оценка инбридинга у молочного скота // Достижения науки и техники АПК. 2019. Т. 33. № 6. С. 51–53. DOI: 10.24411/0235-2451-2019-10612.