ШИРОКОМАСШТАБНЫЙ СКРИНИНГ РНК- И ДНК-СОДЕРЖАЩИХ ПАТОГЕНОВ КАРТОФЕЛЯ ПРИ ПОМОЩИ ПЦР В МАТРИЧНОМ ФОРМАТЕ

П.А. ФРАНЦУЗОВ¹, кандидат биологических наук, биохимик-исследователь (e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.)
М.М. НИКИТИН¹, кандидат биологических наук, ведущий инженер-исследователь)
А.М. МАЛЬКО², доктор сельскохозяйственных наук, директор
А.В. ЖИВЫХ², кандидат сельскохозяйственных наук, директор департамента
Н.В. СТАЦЮК³, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник
В.Г. ДЖАВАХИЯ³, кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник
А.Г. ГОЛИКОВ¹, доктор химических наук, зам. директора
¹ООО «ГенБит», пр. Научный, 20, стр. 2, Москва, 117246, Российская Федерация
²Российский сельскохозяйственный центр, Орликов пер., 1/11, стр. 1, Москва, 107139, Российская Федерация
³Всероссийский научно-исследовательский институт фитопатологии, ул. Институт, вл. 5, р.п. Большие Вяземы, Одинцовский р-н, Московская обл., 143050, Российская Федерация

Резюме. Информация о фитосанитарном состоянии посадок картофеля в РФ, как правило, ограничена сведениями по отдельным патогенам или регионам. В работе оценивали потенциал применения ПЦР/ОТ-ПЦР микроматриц для одновременной диагностики вирусных, вироидных, бактериальных и оомицетных патогенов картофеля для массового скрининга возбудителей болезней. Исследование выполняли в 2015-2017 гг. на базе региональных филиалов Россельхозцентра по Калининградской, Ленинградской, Тверской, Московской, Костромской, Нижегородской, Самарской и Иркутской областям, Ставропольскому и Краснодарскому краям, а также Республике Татарстан с использованием микрочипового амплификатора AriaDNA и совместимых с ним микроматриц. Сбор образцов проводили по стандартной методике. Уровень инфицированности РНК-вирусами по результатам анализа листьев картофеля (n=580) составил 28,8 % с преобладанием вирусов PVS, PVY^o и PVM (соответственно 46,2, 45,7, и 34,7 % от общего числа инфицированных образцов). Уровень смешанных вирусных инфекций был равен 12,9 % (n=75) от общего количества образцов. В большинстве случаев такие инфекции представлены комбинацией двух вирусов (73,3 % от общего количества смешанных инфекций), прочие образцы были инфицированы сразу тремя или четырьмя вирусами (16,0 и 10,7 %, соответственно). В составе смешанных инфекций преобладали PVY^o, PVM и PVS. Среди образцов клубней (n=456) выявлено 19,1 % инфицированных ДНК-содержащими патогенами, в основном Phytophtora infestans, Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, P. atrosepticum (соответственно 35,6, 28,9, 18,9 и 13,3 % от общего числа инфицированных образцов). Смешанные бактериальные инфекции выявлены в 1 образце из Московской области (P. carotovorum subsp. carotovorum + P. atrosepticum) и 2 из Костромской (C. michiganensis subsp. sepedonicus + P. carotovorum subsp. carotovorum). Протестированный метод показал себя простым и информативным инструментом контроля фитосанитарной ситуации в отношении наиболее экономически значимых болезней картофеля.

Ключевые слова: ПЦР в реальном времени, матричный формат, вирусные патогены картофеля, бактериальные патогены картофеля, скрининг, фитосанитарный мониторинг.

Для цитирования: Широкомасштабный скрининг РНК- и ДНК-содержащих патогенов картофеля при помощи ПЦР в матричном формате / П.А. Французов, М.М. Никитин, А.М. Малько и др. // Достижения науки и техники АПК. 2018. Т. 32. № 3. С. 45-49. DOI:10.24411/0235-2451-2018-10309.