Достижения науки и техники АПК

Теоретический и научно-практический журнал

Поиск

Авторизация

Авторизация

2018_03_09_ru

ШИРОКОМАСШТАБНЫЙ СКРИНИНГ РНК- И ДНК-СОДЕРЖАЩИХ ПАТОГЕНОВ КАРТОФЕЛЯ ПРИ ПОМОЩИ ПЦР В МАТРИЧНОМ ФОРМАТЕ

 

П.А. ФРАНЦУЗОВ1, кандидат биологических наук, биохимик-исследователь (e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.)
М.М. НИКИТИН1, кандидат биологических наук, ведущий инженер-исследователь)
А.М. МАЛЬКО2, доктор сельскохозяйственных наук, директор
А.В. ЖИВЫХ2, кандидат сельскохозяйственных наук, директор департамента
Н.В. СТАЦЮК3, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник
В.Г. ДЖАВАХИЯ3, кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник
А.Г. ГОЛИКОВ1, доктор химических наук, зам. директора
1ООО «ГенБит», пр. Научный, 20, стр. 2, Москва, 117246, Российская Федерация
2Российский сельскохозяйственный центр, Орликов пер., 1/11, стр. 1, Москва, 107139, Российская Федерация
3Всероссийский научно-исследовательский институт фитопатологии, ул. Институт, вл. 5, р.п. Большие Вяземы, Одинцовский р-н, Московская обл., 143050, Российская Федерация

Резюме. Информация о фитосанитарном состоянии посадок картофеля в РФ, как правило, ограничена сведениями по отдельным патогенам или регионам. В работе оценивали потенциал применения ПЦР/ОТ-ПЦР микроматриц для одновременной диагностики вирусных, вироидных, бактериальных и оомицетных патогенов картофеля для массового скрининга возбудителей болезней. Исследование выполняли в 2015-2017 гг. на базе региональных филиалов Россельхозцентра по Калининградской, Ленинградской, Тверской, Московской, Костромской, Нижегородской, Самарской и Иркутской областям, Ставропольскому и Краснодарскому краям, а также Республике Татарстан с использованием микрочипового амплификатора AriaDNA и совместимых с ним микроматриц. Сбор образцов проводили по стандартной методике. Уровень инфицированности РНК-вирусами по результатам анализа листьев картофеля (n=580) составил 28,8 % с преобладанием вирусов PVS, PVYo и PVM (соответственно 46,2, 45,7, и 34,7 % от общего числа инфицированных образцов). Уровень смешанных вирусных инфекций был равен 12,9 % (n=75) от общего количества образцов. В большинстве случаев такие инфекции представлены комбинацией двух вирусов (73,3 % от общего количества смешанных инфекций), прочие образцы были инфицированы сразу тремя или четырьмя вирусами (16,0 и 10,7 %, соответственно). В составе смешанных инфекций преобладали PVYo, PVM и PVS. Среди образцов клубней (n=456) выявлено 19,1 % инфицированных ДНК-содержащими патогенами, в основном Phytophtora infestans, Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus, Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, P. atrosepticum (соответственно 35,6, 28,9, 18,9 и 13,3 % от общего числа инфицированных образцов). Смешанные бактериальные инфекции выявлены в 1 образце из Московской области (P. carotovorum subsp. carotovorum + P. atrosepticum) и 2 из Костромской (C. michiganensis subsp. sepedonicus + P. carotovorum subsp. carotovorum). Протестированный метод показал себя простым и информативным инструментом контроля фитосанитарной ситуации в отношении наиболее экономически значимых болезней картофеля.

Ключевые слова: ПЦР в реальном времени, матричный формат, вирусные патогены картофеля, бактериальные патогены картофеля, скрининг, фитосанитарный мониторинг.

Для цитирования: Широкомасштабный скрининг РНК- и ДНК-содержащих патогенов картофеля при помощи ПЦР в матричном формате / П.А. Французов, М.М. Никитин, А.М. Малько и др. // Достижения науки и техники АПК. 2018. Т. 32. № 3. С. 45-49. DOI:10.24411/0235-2451-2018-10309.