М. Г. СМАРАГДОВ, кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник (e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.)
Всероссийский научно-исследовательский институт генетики и разведения сельскохозяйственных животных – филиал Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Федеральный научный центр животноводства ВИЖ имени академика Л. К. Эрнста», Московское ш., 55а, Санкт-Петербург, 196601, Российская Федерация
Резюме. С помощью Fst-статистики Р. Хадсона выполнен анализ межстадных генетических различий коров из 6 племенных заводов голштинизированного черно-пестрого скота Ленинградской области со средними удоями от 8086 до 10166 кг. Из каждого стада случайным образом отбирали от 45 до 75 коров, всего 367 коров. ДНК для генотипирования выделяли из крови с помощью фенол-хлороформного метода. Животные были генотипированы чипом Illumina BovineSNP50 v.2. Редактирование SNPs осуществляли по следующим критериям: минорная частота аллелей MAF < 0,01, доля ошибок при генотипировании SNPs менее 5 %, достоверность соответствия генотипов SNPs распределению Харди – Вайнберга (р < 0,0001). В результате редактирования осталось 41210 SNPs. Генотипированных коров разделили на две выборки. В выборке I сформировали 15 уникальных сочетаний пар стад, включавших всех животных. В выборке II из каждой пары стад удалили коров, рожденных от одних и тех же быков-производителей. При парном сравнении стад в выборке I значения индекса фиксации межстадных генетических различий Fst находились в интервале 0,0020-0,0120, в среднем – 0,0057± 0,0001, что, как правило, меньше известных межпородных значений Fst (0,002-0,373). При парном сравнении стад в выборке II значения Fst находились в интервале от 0,0030 до 0,0150, в среднем – 0,0069 ± 0,0001. Использование одних и тех же быков-производителей в стадах, как правило, приводит к уменьшению значений Fst. и, следовательно, к уменьшению межстадных генетических различий. В среднем уменьшение составило 0,0012 ± 0,0001. SNPs генотипирование коров позволяет на молекулярном уровне выявить межстадные генетические различия, Fst-статистика Р. Хадсона может быть использована для оценки генетических различий животных.
Ключевые слова: индекс фиксации С. Райта, Fst-статистика Р. Хадсона, генетические различия, стадо, молочный скот.
Для цитирования: Смарагдов М. Г. Полногеномная оценка межстадного генетического различия крупного рогатого скота // Достижения науки и техники АПК. 2018. Т. 32. № 4. С. 47-49. DOI: 10.24411/0235-2451-2018-10411.