О. А. КОШКИНА, Т. Е. ДЕНИСКОВА, Н. А. ЗИНОВЬЕВА
Федеральный исследовательский центр животноводства – ВИЖ имени академика Л. К. Эрнста, пос. Дубровицы, 60, Подольский р-н, Московская обл., 142132, Российская Федерация
Резюме. Один из наиболее популярных методов оценки генетического разнообразия сельскохозяйственных животных на сегодняшний день – изучение полиморфизма митохондриальной ДНК (мтДНК). Исследования структуры и вариабельности мтДНК у овец в большей части были основаны на анализе отдельных фрагментов (например, гена цитохрома b или Д-петли), что затрудняет объективную оценку материнской наследственности вследствие возможных ошибок секвенирования. Цель исследований – разработать систему анализа полных митохондриальных геномов и оценить филогенетические связи между представителями российских пород овец с разным типом шерсти. Тест-система основа на амплификации трех перекрывающихся фрагментов мтДНК, которые после очистки и проверки качества библиотек секвенировали с использованием технологии NGS. Подбор праймеров осуществляли в соответствии с референсной последовательностью митохондриального генома домашней овцы (номер базы NC_001941.1). Оптимальные условия проведения реакции ПЦР подбирали экспериментальным путем. Секвенирование полученных ампликонов мтДНК осуществляли на приборе miSeq (Illumina, США). Апробацию тест-системы выделения полных митохондриальных геномов овец проводили на представителях трех российских пород: горноалтайская (n=5), грозненская (n=5) и буубей (n=5). Для оценки эффективности тест-системы рассчитывали гаплотипическое (Hd) и нуклеотидное (π) разнообразие. Все исследуемые выборки овец характеризовались высоким гаплотипическим (Hd = 0,990) и нуклеотидным разнообразием (π = 0,00496). Всего было идентифицировано 14 гаплотипов, которые относились к трем общепринятым гаплогруппам А (n=7), В (n=7) и С (n=1) характерным для овец европейского и азиатского происхождения.
Ключевые слова: митохондриальная ДНК, овцы, полиморфизм, генетическое разнообразие, филогения, гаплотипы, гаплогруппы.
Сведения об авторах: О. А. Кошкина, аспирант, младший научный сотрудник (e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.); Т. Е. Денискова, кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник (e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.); Н. А. Зиновьева, доктор биологических наук, академик РАН, директор
Для цитирования: Кошкина О. А., Денискова Т. Е., Зиновьева Н. А. Разработка и апробация тест-системы для выделения полных митохондриальных геномов домашних овец // Достижения науки и техники АПК. 2022. Т. 36. №10. С. 60–65. doi: 10.53859/02352451_2022_36_10_60.