С. Ю. БАКОЕВ, Л. В. ГЕТМАНЦЕВА
Федеральный научный центр животноводства – ВИЖ имени академика Л. К. Эрнста, пос. Дубровицы, 60, Подольский р-н, Московская обл., 142132, Российская Федерация
Резюме. В статье проанализированы подходы и программное обеспечение, базирующиеся на методах поиска и идентификации протяженных гомозиготных областей (ROH, Runs of Homozygosity). Это непрерывные гомозиготные участки генотипов, которые присутствуют у животного, поскольку оба родителя передают одинаковые гаплотипы своему потомству. Методы, заложенные в программном обеспечении, открывают возможности для поиска участков ROH и могут быть классифицированы как наблюдательные, модельно-ориентированные и методы, обеспечивающие определение коротких последовательностей. В работе представлены основные характеристики программного обеспечения для анализа ROH: Plink, Germline, Beagle, detectRUNS, SVS, Garlic, LOD, VCFtools, BCFtools/ROH. Идентификация и характеристика ROH может помочь в определении геномных регионов, влияющих на характеристики, которые представляют интерес с точки зрения повышения продуктивности коммерческих стад сельскохозяйственных животных. На основе геномной информации, коэффициент инбридинга можно вычислить с использованием четырех индексов: FUNI, FHOM, FGRM, FROH. Определение ROH показало свою эффективность при оценке инбридинга с использованием индекса FROH, а также для идентификации подписей селекции у сельскохозяйственных животных. Исследования, основанные на анализе частоты ROH, направлены на выявление их связи с хозяйственно-полезными признаками у различных видов сельскохозяйственных животных. Потенциал ROH для традиционных методов производства огромен, и с экспоненциальным увеличением имеющихся геномных данных в связи с появлением и развитием новых технологий генотипирования есть все предпосылки к тому, что ROH будут применять и в других областях.
Ключевые слова: сельскохозяйственные животные, инбридинг, ROH, подписи селекции, программные обеспечения.
Сведения об авторах: С. Ю. Бакоев, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник (e-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.); Л. В. Гетманцева, кандидат сельскохозяйственных наук, ведущий научный сотрудник.
Для цитирования: Бакоев С. Ю., Гетманцева Л. В. Методы оценки инбридинга и подписей селекции сельскохозяйственных животных на основе протяженных гомозиготных областей // Достижения науки и техники АПК. 2019. Т. 33. № 11. С. 63–68. DOI: 10.24411/0235-2451-2019-11114.